دکتر روحانی در جشنواره خوارزمی مطالب نیکویی درباره روش علم وتحقیق ایراد نمودند وبر آزاد بودن انواع پژوهشها تاکید کردند اما درعین حال نکاتی را  مطرح کردند که قابل تامل است ودر این نوشته به اختصار  به نقد بخشی از سخنان ایشان می پردازیم 

دکتر روحانی  با طرح سئوال انکاری درباره شیمی وفیزیک اسلامی گفته اند :

[علم مرز نمی‌شناسد عده‌ای در کشور سال‌ها فیزیک و شیمی اسلامی درست کردند، مقصود چیست؟ پول‌های زیادی خرج شده است و وقت زیادی صرف شده است. جبر، جبر است. ریاضی هم ریاضی است. چه فرقی می‌کند مگر ایدئولوژی و تفکر اسلامی اثر می‌گذارد](سایت خبری انتخاب )

بر این بیان دو نقد قابل طرح است اول این که ایشان علوم پایه وتجربی را به طور مطلق  قابل تقسیم بندی  به اسلامی وغیر اسلامی نمی دانند  ونقد دوم این که ایشان  ایدئولوژی اسلامی را با تفکر اسلامی یکی دانسته اند

اما در بخش نخست ادعای ایشان (نبود هیچ فرقی  بین علوم پایه وتجربی اسلامی و غیر اسلامی )باید گفت  فهم علومی مثل فهم  ریاضی  وفهم در فیزیک همچون همه فهم ها تابع متغیرهای بیرون خود است خصوصا در عرصه کاربرد علوم این مساله شدیرتر می شود همه پشیمانی انیشتن را ازاین که نظریه های او موجب تولید بمب اتم شد را شنیده ایم و  از جمله تفاوت های علوم پایه اسلامی وغیر اسلامی همین است که از یکی بمب اتم تولید می شود  واز دیگری نه 

در قرآن وقتی سخن از آموزش وعلم الهی خداوند به داود مطرح می شود از آموزش زره سازی قرآن یاد می کند نه از اسلحه سازی

[وَعَلَّمْنَاهُ صَنْعَةَ لَبُوسٍ لَّکُمْ لِتُحْصِنَکُم مِّن بَأْسِکُمْ فَهَلْ أَنتُمْ شَاکِرُونَ 

و به سود شما صنعتِ ساختنِ پوشش های دفاعی را به اوآموختیم تا شما را از [ آسیب ]جنگ تان محافظت نماید ،پس آیا شما شکرگزار حق هستید ؟](انبیاء/80) 

 بنابراین جهت گیری در علوم ودرتولید محصول  در علوم دینی وغیر دینی متفاوت است

 همین گونه در روش نیز  علوم تجربی وپایه اسلامی وغیر اسلامی متفاوت هستند در علوم جدید تکیه بر ابزار به افراط کشیده شده است نمونه آن در علوم پزشکی است که پزشکان بدون ابزار وتکنیک تقرببا جاهل هستند و نمی توانند تشخیص داشته باشند و از عناصر حیاتی درعلم چون الهام وامداد الهی وزمینه سازی برای آن خبری نیست امری که باعث گران شدن تشخیص بیماری ها وزمان بری شده است به گونه ای که در برخی بیماریها فقط سرمایه داران شانس بهبودی دارند وباقی مردم به خاطر هزینه های هنگفت که از محوریت ابزار وتکنیک حاصل آمده است از درمان ناامید می شوند وگرایش مردم متوسط وطبقه پایین در سالهای اخیر به طب سنتی بیشتر از این روست که روش مدرن هزینه های سنگین دارد وعلم اسلامی اینجا می تواند با تغییر در روش ها وجهت گیری ها به سمت طبی فراگیر ودرعین حال کمتر وابسته به تکنولوژی پیش رود

در سایر علوم مثل مهندسی نیز به شرح ایضا خانه وخودرویی که در جهان سرمایه داری ساخته می شود متناسب با آن فضاست و خانه وخودروی یک دیندار عدالت محور می تواند وباید متفاوت باشد درست است که به تعبیر ایشان با نهادن قرآن در داشبورد خودرو اسلامی نمی شود اما طراحی وساخت خودرویی که انباشته از وسایل مدرن است وفقط هزینه بر مصرف کننده تحمیل می کند نیز خودرو مطلوب اسلامی نیست می توان به جای خودرو شیک ومرفه خودرو مستحکم تولید کرد می توان  در طراحی ومعماری خانه حریم ها را بهتر رعایت کرد زندگی انسان واشیایی که به کار می گیرد وفضایی که می سازد همه دارای معنا ومفهوم است امروز خانه هایی که به تقلید از طراحی غربی می سازیم تناسب چندان با فرهنگ ایرانی اسلامی ندارد 

اما سخن دیگر ایشان که ایدئولوژی زدگی علم را مساوی علم اسلامی دانسته اند درحالی که  اسلام مساوی با ایدئولوژی نیست و تنها برداشتی از اسلام ممکن است ایدئولوژیک  باشد والبته این سخن  درست است که  با اسلام ایدئولوژیک نمی توان علم دینی تولید کرد اما اسلام فراختر از ایدئولوژی است و تحقق علوم دینی در  نگاه  وسیع واصیل غیرایدئولوژیک  ونه نگاه محدود وسیاست زده ایدئولوژیک ممکن ومطلوب است که تاریخ فرهنگ وتمدن ما خود گواه این امر است 

بنابرابن باید با دقت بین مفاهیم جداکرد علوم دانشگاهی اسلامی در اسلام فرا ایدئولوژی شدنی است ونباید مفهوم اسلام را با فهم ایدئولوژیک یکی دانست

البته بحث درباره امکان علوم اسلامی در علوم پایه وتجربی وانسانی دارای ابعاد مختلف است که دراین مختصر نمی گنجد